原位雜交中探針的選擇
DNA探針、RNA探針和寡核苷酸探針均能通過不同的酶促分子反應進行標記。寡核苷酸探針的長度較短，因此避免了探針內部退火的問題，在雜交時的滲透能力也更好，探針與靶標的接觸這是影響原位雜交是否成功的重要因素之一。DNA探針、RNA探針在合成時需要控制探針片段長度，通常300-1000bp左右，能覆蓋到較長片段的靶核酸序列，增加檢測的靈敏度。
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原位雜交中探針的選擇
DNA探針、RNA探針和寡核苷酸探針均能通過不同的酶促分子反應進行標記。寡核苷酸探針的長度較短，因此避免了探針內部退火的問題，在雜交時的滲透能力也更好，探針與靶標的接觸這是影響原位雜交是否成功的重要因素之一。DNA探針、RNA探針在合成時需要控制探針片段長度，通常300-1000bp左右，能覆蓋到較長片段的靶核酸序列，增加檢測的靈敏度。
使用分支DNA信號擴增的RNA FISH
Invitrogen ViewRNA和PrimeFlow檢測是使用分支DNA信號擴增 (bDNA) 來檢測特異性信號的直接熒光RNA ISH方法。 使用獨立但兼容的信號擴增系統讓RNA靶標的多重復用成為可能。 熒光RNA原位雜交檢測分為四個主要步驟：樣本制備、靶標雜交、信號擴增以及檢測。 該方法可實現更高的特異性，更低的背景值和更高的信噪比。
在選擇探針類型的同時，還需要選擇標記方法。探針的標記方法很多，選擇什么標記方法主要視個人的習慣和可利用條件而定。但在選擇標記方法時，還應考慮實驗的要求，如靈敏度和顯示方法等。一般認為放0射性探針比非放0射性探針的靈敏度高。放0射性探針的實際靈敏度不依賴于所采用的標記方法，如隨機引物延伸法往往得到比缺口平移法更高的比活性 。在檢測單拷貝基因序列時，應選用標記效0率0高、顯示靈敏的探針標記方法。在對靈敏要求不高時，可采用保存時間長的生物素探針技術和比較穩定的堿性磷酸酶顯示系統。
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