原位雜交技術方法大致可分為：1.雜交前準備，包括固定、取材、玻片和組織的處理，如何增強核酸探針的穿透性、減低背景染色等；2.雜交；3.雜交后處理；4.顯示（visualization）：包括性自顯影和非性標記的顯色。固定原位雜交組織化學技術在固定劑的應用和選擇上應兼顧到三個方面：保持細胞結構，限度地保持細胞內DNA或RNA的水平；使探針易于進入細胞或組織。DNA是比較穩定的，mRNA是相對穩定的但易為酶合成和降解。RNA卻絕然不同，非常容易被降解。因此，對于DNA的定位來說，固定劑的種類和濃度并不十分重要。相反，在RNA的定位上，如果要使RNA的降解減少到低限度，熒光原位雜交，那么，不僅固定劑的種類濃度和固定的時間十分重要，而且取材后應盡快予以冷凍或固定。



 
核酸原位雜交可根據其檢測物而分為細胞內原位雜交和組織切片內原位雜交；根據其所用探針及所要檢測核酸的不同又可分為DNA-DNA， RNA-DNA， RNA-RNA雜交。但不論哪種雜交都必須經過組織細胞的固定，預雜交，雜交，沖等一系列洗步驟及自顯影或酶法顯色以顯示雜交結果。
我們在這兒介紹的是整胚原位雜交，不同于一般的在載片上對細胞和組織切片進行探針雜交及檢測的原位雜交，



 

和其它實驗方法一樣，必須同時設對照試驗以證明其實驗結果特異性。對照試驗的設置須根據核酸探針和靶核苷酸的種類和現有的可能條件去選定。ISHH的優點是它的高度特異性，它可測定組織、培養的單個細胞或細胞提取物中的核苷酸含量。應用高敏感度的性標記cRNA探針在理想的ISHH的實驗條件下檢測mRNA，其敏感度可達到20個mRNA拷貝/每個細胞。由于雙鏈DNA的穩定性，在用ISHH定位DNA時很少發生丟失，降解，其敏感性高到能夠顯示在染色體鋪片上，有時甚至在組織切片上的單個基因拷貝。正因為如此，對ISHH結果的解釋應持慎重態度，特別是前人未報告過的新發現。



 
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