微波殺菌是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。實踐證明，一般殺菌溫度在75-80攝氏度就能達到效果，此外，微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，且有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46-50％，而微波處理是60-90％，常規加熱豬肝維生素A保持為58％，而微波加熱為84％。節約能源：常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。相比而言，一般可節電30-50％。均勻：常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部。存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、。便于控制:微波食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開始連續調整，便于控制。

設備簡單，工藝:與常規消毒殺菌相比，微波殺菌設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。附：肉類呈味調味料的微波加工工藝：濃縮膏狀物——進料系統——進料能量抑制器——微波干燥加熱箱——出料能量抑制器——冷卻系統——出料打碎系統。